השירותים להגנת הצומח ולביקורת הינם זרוע השירות והאכיפה של משרד החקלאות ומופקדים על הנושאים הבאים:

• מניעת חדירתם ארצה של נגעי צמחים חדשים, קיום מערך הסגר בנמלי הכניסה לארץ, ניטור ומניעת התפשטותם של נגעים חדשים קיימים.
• תכנון ובקרה של מערכי הגידול ליצירת חומר ריבוי נקי ליצוא ולשוק המקומי (זרעים ושתילים), תוך שיתוף פעולה בין לאומי ויצירת הסכמים.
• תחנות הסגר צמחים לבדיקת אינטרודוקציות של זנים חדשים לגידול חומר צמחי מאזורים מסוכנים בעולם.
• אבחון נגעי צמחים כסמכות רשמית לצרכי הסגר (יבוא ויצוא) וכשירות לחקלאים ופיתוח שיטות אבחון ובדיקה חדישות בעזרת טכנולוגיות מתקדמות.
• ביקורת תוצרת חקלאית טרייה ליצוא ופיתוח שיטות ביקורת חדשניות המותאמות לדרישות השווקים המשתנים.
• רישוי, רישום ופיקוח על תכשירי הדברה חקלאיים.
• בדיקת שאריות חומרי הדברה בתוצרת טרייה ומעובדת לשוק מקומי, יבוא ויצוא.
• פיתוח ויישום שיטות זיהוי לכמויות מזעריות של חומרי הדברה תוך שימוש בטכנולוגיות חדישות.
• הכרה במעבדות חיצוניות לצרכי אבחון ובדיקת שאריות חומרי הדברה.
• ביקורת טיב מספוא וגרעינים למאכל בעלי חיים ופיתוח שיטות בדיקה חדשניות.
• פיקוח על ייצור ובקרה על תוצרת אורגנית.
• רשות מוסמכת לצמחים ומיקרואורגניזמים מהונדסים (GMO’S).
• רשות מוסמכת למערכות מניעת סיכונים בייצור תוצרת חקלאית.
• רשות מוסמכת לבדיקת תוצרת חקלאית טרייה לשוק האירופאי.
• קיום קשרים ומגעים מקצועיים עם רשויות מקבילות בחו"ל לפתרון בעיות ביצוא ופיתוח שווקים חדשים.